2019年16個創始成員共同組成了全球生物鑄造聯盟(GBA),到目前為止,已經發展到35個成員,其中國內成員有5個。這些Biofoundry的建立,以其先進的、滿足高通量生物工程項目和早期規?;枨蟮脑O施,為新興生物經濟加速發現提供十分強大的支撐。
全球生物鑄造聯盟地圖
Q 為了實現以最快速度將更好更便宜的成果或產品推向市場的目的,如何搭建Biofoundry呢?
A 從最初的設計出發,主要需要三個步驟:確定所需功能、分析可能性(文庫、底盤生物)、明確過程(進化篩選、編輯)。在此,通過公開資料,小貝整理了若干Biofoundry的自動化平臺設施,一起來看看他們是如何通過高通量自動化系統實現合成生物學流程開發的吧。
位于倫敦帝國理工學院的London Biofoundry是新GBA的主要創始成員之一,具有非常全面且頂尖的生物合成平臺:SYNTAX DNA printer用于in-house oligo合成,超高通量聲波移液系統Echo 525和550用于藥篩、自動化克隆涂布、無細胞合成、酶促試驗等,整合了Echo 550的Access平臺用于整合系統工作流,深度整合了Echo、Clariostar和Liconic培養箱的Biomek i7平臺,DNA和RNA樣品分析系統,克隆挑選系統,測序平臺,流式細胞儀,微型生物反應器,AKTA蛋白純化系統,HPLC和LC-MS平臺,共聚焦活細胞成像系統等。
作為微生物免疫治療的先驅,總部位于倫敦的生物技術公司Prokarium與London Biofoundry合作,并利用其尖端技術平臺高效實現定向進化和菌種基因改造等工作流;成立于2019年的Multus利用London Biofoundry蛋白工程和基于生物反應器的生產和復雜分析解決方案(HPLP和LC-MS)平臺為養殖肉類行業開發環境可持續和符合倫理的培養基,和低成本可擴展的胎牛血清替代品。
London Biofondry Capabilities
加拿大溫哥華的Biofactorial高通量設施位于不列顛哥倫比亞大學生命科學研究所,該設施可以訪問一個大型宏基因組樣本和化合物庫,這些資源可供客戶使用,以幫助探索新的蛋白質、生物傳感器或化合物的藥物發現??梢哉f無Echo不Foundry,這一高通量設施的核心設備也是 Access工作站,整合有Echo,Pherastar酶標儀,細胞培養箱(CO2和O2控制)等設備;同時也配備有QPix Colony Picker高通量設備,實現高通量菌株構建和篩選。此外還配備了Biomek3000等液體處理工作站和分液器,可用于哺乳動物細胞培養,測序準備和其他應用。
加拿大溫哥華Biofactorial的核心Access系統
日本神戶大學工程生物研究中心的Biofoundry研究小組正在通過整合計算機技術來設計代謝途徑、酶選擇和基因序列設計,建立一個結合數字、生物技術和機器人技術的平臺。該平臺還將用于高通量DNA合成/基因工程/基因組編輯技術、合成生物學技術和先進的計量技術(包括代謝組分析)。
Professor HASUNUMA介紹日本神戶大學整合研究中心實驗室Biofoundry系統
位于澳大利亞布里斯班的CSIRO Biofoundry同樣擁有全套專業設備,能夠滿足合成生物學和相關領域大批量項目的需求。除了基礎移液流程外,更多高通量設備使其可執行從DNA組裝到表型分析的完整的工作流程。
中科院天津工業生物技術研究所目前也搭建了從菌種保藏、多底盤微生物菌種改造、蛋白純化、超高通量秒級尺度的質譜前處理與分析系統全流程自動化大設施。在大范圍模式生物體中已經實現了自動化基因操作,在一些模式生物體中已經實現了每天400次的高通量自動化基因組編輯。整體通量預估可實現每天 100–600 次(單基因克?。┟刻?00 次(復雜質粒多模塊組裝),并保持>90%的高成功率。
最后,我們一同參觀歐洲最大的合成生物學Biofoundry,看自動化、智能化平臺如何加速樂斯福研究,為營養、健康和環境提供可持續和天然的解決方案。
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